Scopo dell'alchimia, in tutte le culture in cui si è sviluppata, è un ideale di perfezionamento: della materia, dell'organismo umano, e infine anche della personalità dell'operatore.
Queste finalità possono presentarsi separatamente o anche -più spesso- intrecciate. Dottrine e procedure tecniche spaziano dunque dall'attività di laboratorio all'incremento di potenzialità spirituali. Comunque queste pratiche si differenziano rispetto a ricettari puramente tecnici in quanto si appoggiano e si legano a rilevanti prospettive filosofiche volte allo studio della natura: non per caso per lo più l'alchimista si definisce filosofo. Differiscono anche da istanze puramente mistiche perché prevedono comunque un attivo intervento trasformatore sulla natura. L'alchimia latina medievale presenta due linee principali in questa tendenza alla perfezione: una, volta al perfezionamento dei metalli vili in oro e argento, l'altra che punta al risanamento dell'organismo umano, con promesse anche di lunga vita: si tratta di obiettivi che vanno oltre i limiti che la medicina e la filosofia naturale coeve prevedono, e danno spazio ad aspettative e speranze di benessere e riscatto che possono coinvolgere anche l'assetto sociale e l'intera struttura della natura. Resta incerto, nella storiografia, se questo intento sia da intendersi come utopia o come istanza promotrice di una concezione di sapere capace di governare e controllare artificialmente la natura.